Fekálny mikrobióm - podrobnosti bioklinickej analýzy

Test je možné vykonať minimálne 7 dní po ukončení liečby antibiotikami, odporúčaný interval je však 14 dní.

Z dôvodu obmedzeného obdobia stability sa odporúča, aby sa odber vzoriek a ich dodanie do laboratória uskutočňovali IBA v pondelok a utorok do 14:00.

Timișoara Bioclinic: Vzorky sa budú odoberať v pondelok, utorok a stredu do 14:00.

Výsledok v angličtine maximálne do 15 pracovných dní od okamihu, keď vzorka dorazí do partnerského laboratória, ktoré vykonáva analýzu.

Pre tento test v súčasnosti neexistujú žiadne referenčné hodnoty pre deti do 3 rokov.

Balík sa odosiela 1/týždeň (v stredu) z Temešváru.

O analýze - Mikrobióm vo výkaloch

Prehľad

Na črevnej úrovni existuje široká škála baktérií, húb a iných mikroorganizmov (až 1 000 druhov). Zdravý dospelý jedinec má jedinečnú mikrobiotu, ktorá je časom relatívne stabilná. Napriek veľkým interindividuálnym rozdielom existujú určité údaje, ktoré charakterizujú vyváženú mikrobiotu. Dôležitým znakom je prevaha obligátne anaeróbnych baktérií, ktoré patria do fylogenetického pododdelenia Bacteroidetes (napr. Bacteroidaceae a Prevotellaceae) a Firmicutes (napr. Clostridia, Ruminococcaceae a Eubacteriaceae). Aktinobaktérie a proteobaktérie (Enterobacteriaceae a Fusobacteria spp.) Možno ich identifikovať aj v prípade vyváženej mikroflóry, majú však malý význam.

Rôznorodosť

Rozmanitosť mikrobiómu je indikovaná rozmanitosťou mikroorganizmov, ktoré obsahuje. Všeobecne je veľká rozmanitosť mikrobioty indikátorom zdravej črevnej flóry. Znížená fyziologická diverzita môže byť prejavom dysbiózy, často spojenej s nárastom potenciálne patogénnych bakteriálnych druhov (nepatriacich do tried Bacteroidia alebo Clostridia). Stravovacie návyky ovplyvňujú črevnú flóru a podporujú vývoj určitých bakteriálnych druhov. Ľudský črevný mikrobióm je rozdelený do troch enterotypov, ktoré zodpovedajú dominantným baktériám. Bez ohľadu na národnosť, pohlavie, vek a telesnú hmotnosť existuje korelácia medzi choroboplodnými zárodkami, ktoré kvantitatívne dominujú, a zvyškom obsahu mikrobiómov.

Klasifikácia

Enterotyp I: prevládajúcim mikroorganizmom sú Bacteroides spp., často spájaný s Parabacteroides, pričom energia sa vytvára hlavne zo sacharidov a bielkovín prostredníctvom fermentačného procesu.
Enterotyp II: prevažujúcim bakteriálnym druhom je Prevotella spp., bežne spájaný s Desulfovibrio spp. (tieto baktérie majú schopnosť odbúravať mucín v črevnej sliznici).
Enterotyp III: dominantným mikroorganizmom je Ruminococcus spp. s častým výskytom Akkermansie. Sacharidy produkované degradáciou mucínu sa absorbujú a špeciálnymi transportnými mechanizmami prechádzajú cez bunkovú membránu.

Aj keď je biosyntéza vitamínov prítomná vo všetkých troch enterotypoch, enterotyp I produkuje biotín, enterotyp II produkuje tiamín a enterotyp III sa podieľa na biosyntéze hemov. Niektorí autori naznačujú, že dlhodobé stravovacie návyky môžu zmeniť typ. V niektorých štúdiách je enterotyp, v ktorom dominujú Bacteroides spp., Spojený s enterotypom, v ktorom dominuje Ruminococcus.

Poruchy čriev

Zápalové ochorenie čriev

Kolorektálny karcinóm

Rôzne publikácie popisujú neprimeraný výskyt určitých baktérií vo výkaloch u pacientov s kolorektálnym karcinómom. Niektorí autori diskutujú o možnosti použitia mikrobiómu ako metódy skríningu kolorektálneho karcinómu. V porovnaní so zdravými ľuďmi je množstvo Fusobacterium (najmä F. nucleatum) zvýšené. Tento aspekt sa pozoruje aj v prípade Porphyromonas asaccharolytica a Peptostreptococcus stomatis. Firmicutes, najmä rodu Clostridia, sú uvádzané v malom množstve, podobne ako Actinobacteria. V niektorých štúdiách sa správy o prítomnosti Bacteroidetes líšia. Bifidumbacterium spp. Sa javí ako pozitívny regulátor protinádorovej imunity.

Syndróm dráždivého čreva

Pacienti so syndrómom dráždivého čreva majú zvyčajne zvýšený pomer Firmicutes/Bacteroides. Tento aspekt sa demonštruje aj pri depresii, takže je možné diskutovať o poruche osi „mozog-črevo“. Štúdie preukázali, že množstvo bifidobaktérií je často obmedzené, zatiaľ čo zmena počtu bakterioidov, laktobacilov a E. coli nie je celkom jasná. Percentuálny nárast možno pozorovať v prípade kmeňov Ruminococcus spp. A Alistipes spp.

Nekrotizujúca enterokolitída

Nekrotizujúca enterokolitída je závažné ochorenie u novorodencov so zvýšenou mierou chorobnosti a úmrtnosti, ktoré je obzvlášť časté u predčasne narodených detí (narodených pred 32. týždňom tehotenstva) a u detí s nízkou pôrodnou hmotnosťou. Nekrotizujúca enterokolitída zahŕňa zápalové ochorenie črevnej sliznice (tenké a hrubé črevo) spôsobené baktériami. Početné štúdie preukázali, že v črevnej flóre môžu nastať typické zmeny až 3 týždne pred klinickým prejavom ochorenia. Napríklad významné zvýšenie počtu Enterobacteriaceae, najmä Klebsiella spp., Možno považovať za varovanie týkajúce sa vývoja ochorenia. Zvýšenie počtu Clostridium perfringens naznačuje riziko rozvoja ochorenia s oveľa závažnejšími prejavmi. Bifidobaktérie a laktobacily sa nachádzajú v malom množstve v stolici postihnutých novorodencov.

obezita

Rôzne publikácie potvrdzujú súvislosť medzi obezitou a zmenami v zložení črevného mikrobiómu. Efektívnym odbúravaním nestrávených živín môžu črevné baktérie dodať telu ďalšiu energiu. Najmä baktérie patriace do klastra Firmicutes môžu metabolizovať vlákninu z potravy na mastné kyseliny s krátkym reťazcom. Zvýšený počet Firmicutes môže spôsobiť vyššiu absorpciu kalórií, čo spôsobí prírastok hmotnosti. V prípade ľudí s nadváhou sa pozoruje zvýšený pomer Firmicutes/Bacteroidetes a nízka diverzita alfa črevných mikrobiómov v porovnaní s jedincami s normálnou hmotnosťou. V posledných rokoch bolo u jedincov s nadváhou identifikovaných množstvo kvantitatívne redukovaných bakteriálnych druhov (napr. Akkermansia muciniphila, Lactobacillus gasseri, Faecalibbacterium prausnitzii, Bifidobacterium, Lactobacillus, Butyrivibrio, Alistipes, Akkermanshan, Coprocv).

Cukrovka 2. typu

Cukrovka typu 2 je porucha metabolizmu uhľohydrátov, v ktorej je síce prítomný inzulín, ale má nízky bunkový účinok. Táto inzulínová rezistencia spôsobuje zvýšenie glukózy v krvi. Obezita je hlavným rizikovým faktorom pre tento stav. Presná patogenéza ochorenia nie je celkom známa. Typické zmeny v črevnom mikrobióme boli pozorované u obéznych pacientov s cukrovkou 2. typu. Posledné publikácie naznačujú, že tieto zmeny v črevnej flóre sa priamo podieľajú na patogenéze cukrovky typu 2. Kvôli narušeniu črevnej permeability si bakteriálne zložky zachovávajú nízku hladinu zápalu, ktorá sa pozoruje pri obezite a cukrovke typu 2. ktorá ovplyvňuje črevnú priepustnosť u ľudí s cukrovkou a obezitou nie sú úplne známe.

Srdcovo-cievne ochorenia

Posledné štúdie zistili súvislosť medzi črevným mikrobiómom a aterosklerózou. Metabolity (cholín, fosfatidylcholín a L-karnitín) v potravinách sa metabolizujú v črevnom mikrobióme na trimetylamín, ktorý sa v pečeni oxiduje na N-oxid trimetylamín (TMAO). V štúdii Framingham Heart sa tento metabolit ukázal ako jeden z mála parametrov v sére s prognostickou hodnotou pre ďalší vývoj kardiovaskulárnych ochorení u stále zdravých pacientov. Baktérie zodpovedné za tvorbu trimetylamínu neboli úplne identifikované, ale zdá sa, že do tohto procesu sú zapojené Desulfovibrio desulfuricans a Tenericutes. Okrem toho môže zvýšenie priepustnosti črevnej sliznice pre bakteriálne produkty látkovej výmeny viesť k chronickému zápalu steny tepien. U chorých pacientov bolo zistené vysoké percento baktérií rodu Collinsella, zatiaľ čo Eubacterium, Roseburia a Bacteroides spp. Sú prítomné hlavne u zdravých ľudí.

Reumatoidná artritída

Mnoho štúdií preukázalo, že ľudia s reumatoidnou artritídou majú nízku frekvenciu výskytu skupín Bacteroides-Porphyromonas-Prevotella a Eubacterium rectale - Clostridium coccoides. V počiatočných štádiách môžu byť prítomné Lactobacillus a Prevotella spp., Najmä P. copri. V akútnych fázach ochorenia možno pozorovať zvýšený podiel Lactobacillus salivarius, Gordonibacter pamelaeae a Clostridium asparagiforme, respektíve znížený výskyt Haemophilus spp.

Komplexná analýza mikrobiómu sa vykonáva z výkalov najmodernejším sekvenovaním novej generácie (NGS) a umožňuje identifikáciu všetkých mikroorganizmov, ktoré sa nachádzajú v čreve (až 1 000 rôznych druhov). Zdravý dospelý jedinec má počas celého života jedinečný, relatívne stabilný mikrobióm.

Úloha črevného mikrobiómu

Hrá dôležitú úlohu v každodennom živote a zaisťuje správne fungovanie ľudského tela (syntetizuje vitamíny - B1, B2, B6, B12, K2, K, H a esenciálne aminokyseliny)
Eliminuje metabolické produkty
Poskytuje kalórie (až 10%)
Boj proti patogénom

Každá osoba má jedinečný mikrobióm podobný odtlačku prsta. Na črevnej úrovni je 10 miliárd baktérií (10-krát viac ako buniek v ľudskom tele). Tieto baktérie obsahujú> 3 milióny génov, 150-krát viac génov ako ľudský genóm (DNA); ich hmotnosť môže presiahnuť 2 kg.