Príčinou Pfeifferovej žľazovej horúčky je vírus Epstein-Barr
Pri Pfeifferovej žľazovej horúčke je príčinou vírus Epstein-Barr, ktorý sa šíri po celom svete. Je to patogén z čeľade herpes vírusov, ktorý je pomenovaný podľa svojich objaviteľov Michaela A. Epsteina a Yvonne M. Barra.

Pfeifferova žľazová horúčka nie je nákazlivá iba počas akútneho ochorenia: Po infikovaní sa vírus môže aj po rokoch vylučovať slinami. Okrem kontaktu so slinami je možná aj kvapôčková infekcia, Inými slovami, je nákazlivé vdýchnutím veľmi jemných kvapôčok, ktoré sa dostanú do vzduchu, keď infikovaná osoba hovorí alebo kašle. V zriedkavých prípadoch môže vírus Epstein-Barr vstúpiť do tela aj počas krvných transfúzií alebo transplantácií orgánov.
Vírus, keď sa dostane do tela, infikuje bunky sliznice v ústach, nose a hrdle (bunky epitelu) na jednej strane a určitá podskupina bielych krviniek (leukocyty) - takzvané B lymfocyty na druhej strane. Vírus sa tiež dostane cez tieto infikované imunitné bunky napríklad do lymfatických uzlín a sleziny.
Vírus Epstein-Barr sa nachádza iba u ľudí. Zvláštnosťou herpetických vírusov je, že po prvej infekcii zostávajú v tele celý život. Rovnako tak vírus Epstein-Barr: ukladá svoje gény v genetickom materiáli B lymfocytov. Pokiaľ je vlastný obranný systém tela neporušený, vírus sa znova neaktivuje. Ak dôjde k napadnutiu imunitného systému, vírusy sa môžu krátkodobo množiť a potom sú opäť zistiteľné aj v slinách; Telo sa obvykle podarí zabrániť novému prepuknutiu Pfeifferovej žľazovej horúčky bojom s patogénmi.
Ak je však imunitný systém potlačený niektorými chorobami (napr. AIDS) alebo liekmi (napr. Po transplantácii orgánu), EBV sa môže nekontrolovane množiť a viesť k vážnym chorobám. Existuje napríklad podozrenie, že vírus Epstein-Barr môže spôsobiť aj Hodgkinovu chorobu (rakovinu lymfatických žliaz) a ďalšie druhy rakoviny. Zdá sa, že existujú rozdiely v rôznych regiónoch: Zatiaľ čo Burkittov lymfóm je častým dôsledkom infekcie EBV v Afrike, v niektorých častiach Ázie je vírus spájaný s rakovinou nosohltanu, ktorá je tam veľmi rozšírená. Lekári tiež diskutujú o tom, či EBV hrá úlohu pri autoimunitných ochoreniach, ako je roztrúsená skleróza.