NewsDiaspora Úspech študenta; z Katedry genetiky; na fakulte; ii Biológie

Tím špecialistov a študentov Katedry genetiky Fakulty biológie na Bukureštskej univerzite uskutočnil prvé sekvenovanie genotypu mnohobunkového eukaryotického organizmu (do tejto kategórie patria všetky rastliny a zvieratá), ktorý bol vyrobený výlučne v Rumunsku. Názov genotyp je vhodnejší pre genetické informácie jednotlivca alebo miestnej populácie ako všeobecný pojem genóm, ktorý by sa mal používať pre daný druh.

študenta

Tím laboratória Drosophila sekvenoval genotyp (postupnosť celého genómu) miestnej línie Drosophila melanogaster (octový komár) pochádzajúci od jedincov zhromaždených z podhorskej oblasti Romanii de Sus - Horezu (Vâlcea) a stabilizovaný v laboratóriu.

Praktické skúsenosti získané v rámci tohto pilotného projektu umožnia laboratórnemu tímu Drosophila na Biologickej fakulte UB zaoberať sa mnohými teoretickými a praktickými otázkami súvisiacimi s genomikou a genetikou D. melanogaster, ale tiež zvážiť sekvenovanie genotypov a genómov iných línií resp. záujmové druhy vrátane Homo sapiens.

Jednou z hlavných výskumných aktivít uskutočňovaných v laboratóriu Drosophila na Biologickej fakulte UB je bioinformatická analýza prítomnosti, frekvencie a distribúcie mobilných genetických prvkov nazývaných transpozóny v genotype línie Horezu.

Interpretácia údajov o sekvenovaní je hlavnou výzvou z hľadiska zložitosti bioinformatického softvéru a výpočtového výkonu potrebného na štrukturálnu anotáciu záujmových transpozónov v genotype línie D. melanogaster-Horezu.

Tento experimentálny prístup umožňuje prístup k niektorým teoretickým a praktickým aspektom súvisiacim s genomikou a genetikou druhov D. melanogaster a charakterizácia transpozónov triedy II v miestnych líniách je predmetom doktorandskej práce v plnom prúde v laboratóriu Drosophila.

Interpretácia údajov o sekvenovaní týkajúcich sa rumunskej línie D. melanogaster sa uskutočňovala v laboratóriu Drosophila na Biologickej fakulte UB, a to aj pomocou bioinformatického programu Genome ARTIST (www.genomeartist.ro), vyvinutého v tomto laboratóriu.

Členovia tímu zapojení do sekvenčného experimentu sú prednášaní. univ. Dr. Rațiu C. Attila, doktorand Bologa M. Alexandru, študent Ghiță C. Iulian, študent Bălănescu V. Mihnea a docent Alexandru Al. Ecovoiu.

Na získanie a spracovanie nukleotidových sekvencií bol potrebný počítač vybavený 32 Gb DDR4 RAM, procesorom i7-6500U, 500 Gb SSD a operačným systémom LINUX MINT, ku ktorému bolo pripojené sekvenčné zariadenie Oxford Nanopore MinION, ktoré veľkoryso poskytoval kolegom mikrobiológom.

Po 48 hodinách efektívneho sekvenovania sa vygenerovalo 36,5 Gb konkrétnych údajov, ktorých ďalšie spracovanie v špeciálnom formáte si vyžiadalo ďalšie 4 dni nepretržitého výpočtu, takže počítač bežal bez prerušenia asi 6 dní, v priebehu 28. februára - 4. marca 2020.

Zbierka čítaní (sekvencií) bola uložená v medzinárodnej databáze National Center for Biotechnology Information (NCBI) a odkaz je prístupný tu.