SKÚŠKA SARS-CoV-2 Medlife CORONAVIRUS
Autor: Dr. Vasilescu Roxana, hlavný lekár laboratória MedLife Grivita v Bukurešti
SARS-CoV-2 (Ťažký akútny respiračný syndróm koronavírus 2) patrí do čeľade Coronaviridae, skupiny beta-koronavírusov.
koronavírusy sú obalené vírusy jednovláknového typu RNA s veľkými rozmermi, asi 125 nm. Vírusový genóm kóduje 16 neštrukturálnych proteínov a 4 štrukturálne proteíny.
Posledné z nich sú: proteín S (hrot), proteín E (obal), proteín M (membrána) a proteín N (nukleokapsid).
Rad koronavírusov (HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-HKU1, HCoV-OC43) spôsobuje endemické mierne respiračné stavy, ktoré sú zahrnuté do skupiny bežných „prechladnutí“ alebo „bežných respiračných vírusov“. Dva ďalšie koronavírusy spôsobili vážne ohniská dýchacích ciest. Je to o:
• SARS-CoV identifikovaný v roku 2002 v južnej Číne, v rýchlo sa šíriacom globálnom regióne Gunagdong a ktorý v čase svojho zmiznutia v roku 2004 spôsobil viac ako 8 000 prípadov na ľuďoch a 774 úmrtí (9,5% úmrtnosť) a
• MERS-CoV (koronavírusový respiračný syndróm na Blízkom východe), identifikovaný v roku 2012 v Saudskej Arábii, rozšírený v 27 krajinách a stále kolujúci na Blízkom východe, ktorý doteraz určil 2521 prípadov a 919 úmrtí (úmrtnosť 35 %), spájajúce gastrointestinálne príznaky a akútne zlyhanie obličiek.
Zdá sa, že prirodzeným rezervoárom týchto vírusov sú populácie netopierov. U ľudí sa prenášajú prostredníctvom medzihostiteľa. Pokiaľ je v prípade SARS-CoV a MERS-CoV známy tento prostredný hostiteľ (cibetka, respektíve ťava), pre SARS-CoV-2 stále nie je možné presne určiť.
SARS-Cov-2 vo svete a v Rumunsku
Koncom roku 2019 bol identifikovaný nový koronavírus ako príčina ohniska zápalu pľúc vo Wu-chane - meste v čínskej provincii Chu-pej. Rýchlo sa rozšíril a viedol k epidémii v celej Číne. 11. marca vyhlásila WHO pandémiu koronavírusov. Prvý prípad potvrdený v Rumunsku bol 26. februára u muža z župy Gorj. 16. marca bol v Rumunsku vyhlásený výnimočný stav a 22. marca boli v Rumunsku hlásené prvé úmrtia na COVID-19. K dnešnému dňu zostáva úmrtnosť v Rumunsku u ľudí infikovaných SARS-CoV-2 okolo 5,6% v porovnaní s úrovňou testovania v krajine.
SARS-CoV-2 spôsobuje respiračnú infekciu nazývanú COVID-19 (infekčné ochorenie koronavírusmi - 2019) s priemernou inkubačnou dobou asi 5 dní (limity 2 - 14 dní). Toto ochorenie je charakterizované prevažne respiračnými príznakmi (horúčka, kašeľ, ťažkosti s dýchaním) strednej intenzity asi v 80% prípadov, ale môže mať závažné prejavy (bilaterálna intersticiálna pneumónia) s progresiou do respiračného zlyhania, akútnej respiračnej tiesne (ARDS). hlavná príčina smrti. Vyskytujú sa aj prípady gastrointestinálnych prejavov (najmä hnačiek) a u niektorých pacientov (najmä mladých) sa ako skoré príznaky zaznamenali hypo/anosmia (strata čuchu) a hypo/dysgeúzia (strata chuti).
Ako testovať?
Referenčný test pre špecifickú diagnózu COVID-19 je technológia NAAT (technológia amplifikácie nukleových kyselín) reverzná transkripcia v reálnom čase PCR (qRT-PCR).
Tento test odhaľuje prítomnosť vírusovej RNA v nosohltane; inými slovami, potvrdzuje prítomnosť vírusu.
Sérologické testy sa vykonávajú z krvi a ukazujú prítomnosť antivírusových protilátok (SARS-CoV-2), protilátok, ktoré predstavujú imunitnú reakciu hostiteľského tela na prítomnosť vírusu. Tieto protilátky sú imunoglobulíny patriace do tried A, M, G, zriedka D.
Predchádzajúce modely sérologických protilátkových reakcií na vírusové infekcie, všeobecne povedané, nasledujúcu sekvenciu týchto protilátok v čase od okamihu vírusovej infekcie:
• najskôr sú to IgA,
• pozorne sledujte IgM,
• IgG protilátky sa objavujú ako posledné a zostávajú vo vysokých titroch dlhšiu dobu ako tie predchádzajúce (IgA a IgM).
U niektorých vírusov existuje obdobie, v ktorom antigén (samotný vírus) koexistuje (dá sa identifikovať) s protilátkami, najmä so skorými protilátkami IgA a IgM. Ostatné vírusy majú obdobie „sérologického okna“, tj časový interval medzi zmiznutím antigénu (v krvi) a objavením sa protilátok, teda časový interval, v ktorom nemožno zistiť infekciu (minulú).
Protilátky typu IgG sú neskoré protilátky, ktoré sa zvyčajne objavia po zmiznutí antigénu. Protilátky IgG uchovávané v krvi po dlhšiu dobu sa považujú za ochranné protilátky; ak dôjde k novému infekčnému kontaktu s rovnakým vírusom, buď je vírus okamžite neutralizovaný a nezačne sa lokalizovať a množiť na bunkovej úrovni, alebo multiplikačný cyklus môže začať na úrovni hostiteľskej bunky, ale jeho účinkov (teda príznakov ochorenia) ) sú oveľa nižšie ako pri primárnej infekcii.
Čo hovoria vedci o sérológii?
V súčasnosti je špecifická imunitná odpoveď tela na infekciu SARS-CoV-2 predmetom mnohých štúdií vo všetkých krajinách. Doteraz neexistujú úplné overené informácie o dynamike protilátok v čase infekcie, ani o ich perzistencii po eliminácii vírusu a neutralizačnej schopnosti, takže ich schopnosť chrániť pred vírusovou infekciou pomocou SARS-CoV- 2. Väčšina publikovaných štúdií uvádza ako referenčný pojem pre dynamiku protilátok nástup symptómov, nie načasovanie infekcie. Na európskej úrovni stále prebiehajú štúdie o bežnej populácii s cieľom stanoviť séroprevalenciu, ktorá je užitočná pre opatrenia na kontrolu infekcií z hľadiska verejného zdravia a chápe význam asymptomatických infekcií.
S výhradou stále neúplných informácií o imunite po infekcii SARS-CoV-2 môžu byť sérologické testy užitočné pri identifikácii osôb, u ktorých sa vyvinula imunitná odpoveď ako súčasť aktívnej infekcie alebo v dôsledku predchádzajúcej infekcie. Výsledky sérologických testov sú obzvlášť dôležité pri diagnostike asymptomatických alebo asymptomatických infekcií. Aj keď úplné informácie o imunite po tejto infekcii ešte nie sú k dispozícii, sérologické údaje by mohli identifikovať subjekty, ktoré už nie sú náchylné na infekciu. Mohlo by to byť užitočné aj na identifikáciu potenciálnych darcov plazmy, ktoré by sa mohli použiť pri liečbe ťažkých foriem.
Sérologické testy môžu navyše pomôcť pri diagnostike aktívnej infekcie, keď je RT-PCR negatívna u pacienta prítomného v neskorej fáze infekcie COVID)
Sérológia kombinovaná s RT-PCR tiež zvyšuje mieru detekcie infekcie SARS-VOC-2 na 98,6%.
Sérologické testy však majú niekoľko obmedzení. Negatívne sérologické výsledky nemôžu vylúčiť infekciu SARS-COV2, najmä ak je infekcia nedávna. Na druhej strane existuje riziko pozitívnych výsledkov v dôsledku skríženej reaktivity s protilátkami vytvorenými v dôsledku infekcií inými koronavírusmi. Sérologická metóda sa považuje za validovanú, ak poskytuje výsledky, ktoré správne identifikujú prítomnosť alebo neprítomnosť protilátok na vopred určenej štatistickej úrovni spoľahlivosti.
Aj keď je množstvo imunologických testov komerčne dostupných, ich presnosť pri diagnostike a optimálnom použití musí zostať vyhradená, čaká sa na test času.
IgG protilátky proti MedLife
Testy na protilátky IgG a IgM v analytickom systéme Abbott sú kvalitatívne sérologické testy založené na chemiluminiscencii mikročastíc (CMIA). Boli detekované vírusové nukleokapsidové protilátky anti-SARS-CoV-2. N proteín vo vírusovom nukleokapside je najhojnejšou, imunogénnou a dobre zachovanou vírusovou zložkou, ktorá sa považuje za dobrý diagnostický marker.
Pre protilátky IgG sú kritériá účinnosti testu nasledujúce:
Pozitívna predpoveď (122 vzoriek od 31 subjektov potvrdených ako pozitívnych pomocou PCR):
• • 3 - 7 dní od objavenia sa príznakov: 25,00%
• 8 - 13 dní od objavenia sa príznakov: 86,36%
•> = 14 dní od nástupu príznakov: 100,00%
Negatívna predpoveď (997 sér pred septembrom 2019 + 73 vzoriek od pacientov s respiračnými príznakmi testovaných na PCR pre nCOV negatívne)
• Vzorky od nCOV negatívnych pacientov: 100,00%
Štúdie krížovej reaktivity: 182 vzoriek od potvrdených pacientov s 36 rôznymi infekčnými chorobami
• 181 vzoriek bolo negatívnych na nCOV
• 1 z 5 vzoriek od pacientov s CMV IgG bola pozitívna