XPARAL; EWSTranslate

Grafický výpočet parametrických zarovnaní

Verzia 2.0 z

XPARAL je program založený na systéme X-Windows, ktorý počíta parametrizované zarovnanie dvoch sekvencií. Užívateľ má možnosť parametrizovať ktorýkoľvek z pojmov funkcie cieľa zarovnania. Medzi tieto parametre patrí váha zhody, nezhody, vložky alebo vymazania. Okrem toho, ak sa zvolí lineárny alebo konvexný ofsetový model, dajú sa parametrizovať aj náklady na zahájenie ofsetu a rozšírenie priestoru. XPARAL potom rozdelí dve vstupné sekvencie poskytnuté používateľom v závislosti od zvoleného typu zarovnania (globálne, lokálne, medzery alebo podreťazce). Program zobrazí pravý horný kvadrant dvojrozmerného grafu, kde osi grafu určujú možné hodnoty variabilných nákladov. Priestor je rozdelený na konvexné mnohouholníky, kde každý polygón určuje zarovnanie, ktoré je optimálne vo vzťahu k rozsahu nákladov v rámci polygónu. Používateľ môže kliknúť na mnohouholník a zobraziť všetky optimálne zarovnania pre tento rozsah v priestore parametrov. Je tiež možné uložiť a vytlačiť optimálne zarovnanie.

ewstranslate

Spustiteľné verzie tohto programu sú k dispozícii pre nasledujúce operačné systémy (iba Mac, Linux, Unix a X):

Zdrojový kód pre XPARAL a súvisiace súbory: zdroj atď.
Ak kompilujete pre iné platformy, ako sú tu, odošlite spustiteľné súbory, ktoré tu uverejníte. Vďaka.
XPARAL nájde optimálne zarovnanie za predpokladu buď jednotného skóre pre zhody a nezrovnalosti, alebo na základe hodnôt z bodovacích tabuliek načítaných zo súboru. Tieto súbory so zápisom sú teraz zahrnuté v XPARAL a je možné ich zvoliť z rozbaľovacej ponuky. XPARAL vám tiež umožňuje čítať reťazce zo súborov, a to buď samostatne, alebo ako zarovnané reťazce.

  • Kliknite tuzískať ukážkový súbor zarovnaných reťazcov.

Dokumentácia k programu je k dispozícii online alebo ako dokument s možnosťou prevzatia príspevku.