Energia - prepojenie energetických kalórií - CiupaCabra

Snažím sa optimalizovať interakcie pre sériu náhodných molekúl a testovať proteín pomocou dokovacieho softvéru. Softvér používa QM/MMGBSA na výpočet voľnej energie v jouloch (áno, nejde o meranie, ale je veľmi dôsledné). Väčšie molekuly majú automaticky viac voľnej energie, pretože majú vysoký energetický potenciál. Rád by som rozdelil voľnú energiu počtom atómov v molekule alebo celkovým počtom daltonských molekúl. Ide o normalizáciu energie a dodanie množstva kalórií spojených s väzbou. Požiadal som univerzitného profesora, aby takýmto spôsobom zmeral účinnosť spojenia a povedal, že nevie, čo joule/tabuľka ponúkne. Zdá sa, že potrebné množstvo kalórií je schopné správne klasifikovať so správnou životaschopnosťou veľkosti 2 pozitívne a 1 negatívna kontrola, ale potrebujem túto myšlienku, aby som prešiel recenziou. Je to moja rozumná racionalizácia podľa Jouleho/Daltona?

pozitívnu vzorku

Meria väzbovú energiu azttp (AZT trifosfát), gtp (guanín trifosfát) a AZTppppA (AZTP + AMP) na priečny HIV divého typu (8ICO). Pre moju negatívnu vzorku (AZT + AMP) sa používa 8 vysoko kvalitných konformérov a nezávislé doky s QM/MMGBSA, pre moju pozitívnu vzorku (AZTTP) 5 konformérov a pre malú pozitívnu vzorku (gtp) 1 konformér. Pre každú testovanú vzorku mám dva alebo tri vysoko kvalitné konforméry, ktoré prechádzajú rovnakými postupmi.

HIV RT má tunel, v ktorom nukleotidové analógy prechádzajú cez vrecko, kde, ak sa molekula účinne viaže, je akceptovaná, ale ak zlyhá, je fosforylovaná a vylúčená. Snažím sa vytvoriť metriku, ktorá by mohla byť použitá na meranie účinnosti odkazu a umožňuje mi odvodiť pravdepodobnosť odmietnutia (iba). Pretože je okno/box doku malý a nemení sa pre každý testovaný subjekt, rád by som považoval HIV-RT za konštantu.