Vizualizácia podobnosti ľudskej a chemickej DNA; EWSTranslate

Kalifornská univerzita - Riverside
Riverside, CA 92521

ewstranslate

Nedávna publikácia úplného šimpanzieho genómu poznačená problémom z prírody nám hovorí, že ľudia a šimpanzy majú 96% rovnakého genetického materiálu. Toto číslo je ťažko pochopiteľné, čo znamená, že zdieľame 96% našej DNA s našimi najbližšími žijúcimi bratrancami.?

Priamy prieskum DNA nie je nápomocný. Zvážte napríklad prvých 100 párov báz poľa mitochondriálnej DNA:

gtttatgtagcttaccccctcaaagcaatacactgaaaatgtttcgacggggtttacatcaccccataaacaaacaggtttggtcctagcctttctattag…

a prvých 100 základných párov ľudskej mitochondriálnej DNA:

gatcacaggtctatcaccctattaaccactcacgggagctctccatgcatttggtattttcgtctggggggtgtgcacgcgatagcattgcgaggg

Podobnosť je veľmi ťažké posúdiť a kompletný genóm pre človeka i šimpanza je v skutočnosti asi 3 miliardy dlhých párov báz.!

Vytvorili sme jednoduchý nástroj, ktorý umožňuje ľuďom vizualizovať a pochopiť podobnosť/nepodobnosť sekvencií DNA. Aj keď tento článok v súčasnosti nie je zverejnený a stále prebieha, zverejnili sme video o ľudskej a šimpanzej DNA, ktoré sa zhoduje s publikáciou kompletného šimpanzieho genómu.

Video trvá asi 2 minúty a je úplne autonómne. Nižšie je uvedená verzia na Youtube. Nižšie môžete vidieť samostatné verzie s oveľa vyšším rozlíšením.

  • Google Video je tu .
  • Prehrajte si v prehliadači verziu Quicktime: Pozor, najkvalitnejší, ale veľký súbor. Prehrávanie videí môže trvať niekoľko minút.
  • Prehrajte si verziu AVI v prehliadači.
  • Prehrajte si v prehliadači verziu MP4.
  • Kliknutím pravým tlačidlom myši stiahnete verziu Quicktime: Pozor, veľký súbor (bezplatný prehrávač).
  • Kliknutím pravým tlačidlom myši stiahnete verziu AVI
  • Kliknite pravým tlačidlom myši a stiahnite si verziu MP4

Krátka biografia účastníkov:

  • Dr. Eamonn Keogh je odborným asistentom informatiky na UCR. Medzi jeho výskumné záujmy patrí dolovanie dát a vizualizácia.
  • Dr. Stefano Lonardi je odborným asistentom informatiky na UCR. Medzi jeho výskumné záujmy patrí výpočtová molekulárna biológia.
  • Dr. Victor B. Zordan je odborným asistentom informatiky na UCR. Medzi jeho výskumné záujmy patrí počítačová grafika.
  • Dr. Sang-Hee Lee je odborným asistentom antropológie na UCR. Medzi jeho výskumné záujmy patrí ľudská evolúcia a taxonómia.
  • Manel Jara je študentom Autonómnej univerzity v Barcelone a študentom UCR v roku 2005.

Ak sa chcete zmieniť o tomto príspevku, použite:

E. Keogh, S. Lonardi, VB Zordan, SH Lee a M. Jara (2005). Vizualizácia podobnosti ľudskej a chemickej DNA. (Multimedia Video). http://www.cs.ucr.edu/

Ďakujem Colinovi Crenshawovi, Billovi Yuan-chi Chiuovi a Anwarovi Adimu za pomoc a návrhy. Hudba vo videu je Chopin - Ballade č. 4 f mol, op. 52, Andante con moto, účinkuje Dr. Sang-Hee Lee. .