Biochemical Internship II - PDF na stiahnutie zadarmo
1 Biochemická stáž II 3-týždňová stáž v hlavnom kurze biochémie WS 2010/11 Biochemický ústav Biozentrum Max-von-Laue-Straße Frankfurt nad Mohanom Tel.:
2 Obsah 1 Všeobecný rozvrh Pomoc pri vytváraní laboratórneho protokolu Bioinformatika Pokyny na prípravu tlmivých roztokov Peptidový transportér TAP Príprava membrány z hmyzích buniek Sf9 (experiment 1 A) Značenie peptidov jódacetamidofluoresceínom (experiment 1B) Stanovenie väzbovej afinity (hodnota KD) peptidu k TAP (Pokus 1C) Skúmanie nukleotidovej väzby TAP (Pokus 1D) Skúška transportu peptidu (Pokus 1E) Funkčná charakterizácia nukleotidovej väzbovej domény MDL Nadexpresia MDL1-NBD v E. coli (Pokus 2A) Purifikácia MDL1-NBD alebo MDL1 (E599Q) -NBD (Pokus 2B) Test aktivity ATPázy (Pokus 2C) Dimerizácia EQ mutanta (Pokus 2D) Fluorescenčné zhášanie na stanovenie rýchlostnej konštanty dimerizácie MDL1 (E599Q) -NBD (Pokus 2E)
4 Všeobecné 3 Skúška z celej stáže BC-II (PEI, GSH, BC) a prednáška z bioanalytiky sa uskutoční v piatok o 9:30 v budove Biozentrum N100, miestnosť 0.15. Výsledky budú zverejnené vo vstupnej hale Ústavu pre biochémiu a zverejnené najneskôr na našej domovskej stránke. Na zloženie skúšky sa vyžaduje 50% bodov. Vedúci stáže prof. Robert Tampé PD. DR. Vedúci Rupert Abele Christoph Baldauf Dr. Katharina Ceh Irina Bangert Volker Gatterdam Gerda Gündisch Sabine Hulpke Kristin Kiosze Alexander Kleefen Noemi Labòria Tim Lin Sabine Schmidt Gerhard Spatz-Kümbel Franz Tumulka Agnes Wycisk
9 Pomoc pri vytváraní protokolu stáže 8 Príklad: BEISMANN-DRIEMEYER, S. a TAMPE, R. (2004): Funkcia mechanizmov na transport antigénu TAP v bunkovom imunitnom systéme Angew. Chemie 116, Bibliografia je zoradená abecedne podľa prvého autora! (Pre vytvorenie bibliografie odporúčame program Citavi (bezplatne na domovskej stránke univerzity). F. Príloha V niektorých prípadoch nasleduje príloha, ktorá obvykle pozostáva z dlhších tabuliek s nameranými údajmi alebo väčších čísel. Záver Pri písaní protokolu sa snažte byť úplný a jasný Keď ste dočítali vierohodnosť, štruktúru a znenie textu, ako aj pravopisné chyby, prečítajte si text znova alebo požiadajte niekoho o pomoc! Komentár Ak to má zmysel, sú podporované odchýlky od týchto pokynov, tvorivosť sa netrestá.!
17 Bioinformatika 16 Táto stránka poskytuje veľa informácií o ACE2, vrátane výpisu proteínovej sekvencie (v jednopísmenovom kóde) a sekvencie DNA. Čo poviete na funkciu ACE2? Z akého organizmu to bolo naklonované? Kde bola publikovaná výskumná práca? Upozorňujeme, že existuje odkaz na stránku Medline, ktorá vám umožní zobraziť abstrakt článku.
18 Bioinformatika 17 Medzi sekvenčné znaky patria oblasti ako „cds“ (kódujúca sekvencia DNA). Toto vám povie kódujúcu oblasť DNA - oblasť, ktorá bola preložená, aby poskytla proteínovú sekvenciu. V ktorej pozícii sa začína a končí kódovacia sekvencia? Niektoré zo sekvenčných záznamov obsahovali viac ako jeden gén. Pozrite sa na prístupové číslo X (Vyhľadávanie môžete vykonať znova alebo ho môžete nájsť pomocou tlačidla späť v prehliadači). Túto postupnosť zobrazte v grafickom formáte (z odkazu v hornej časti stránky). Mali by ste vidieť stránku, ako je tá dole. Preskúmajte odkazy na tejto stránke a pozrite si ďalšie dostupné informácie o tomto regióne. Ponuky Limity a Náhľad/Index (a príkazy Vyhľadávacie polia) sú oveľa užitočnejšie pri prehľadávaní databáz nukleotidov a proteínov ako v databázach z literatúry. Zoznam všetkých vyhľadávacích polí a ich kódov použitých v databázach sekvencií nájdete v príručke pomoci Entrez tu. Príklad: Použite Limity na vyhľadanie všetkých ľudských sekvencií (okrem EST a STS) pridaných do databázy od roku 1998:
20 Bioinformatika Koľko nukleotidových sekvencií (okrem EST) z chloroplastov tabaku je v databázach? 5. Zrejme sa „kráľ“ rozvetvil od rokenrolu k analýze sekvencií DNA dlho po jeho úmrtí. Nájdite prístupové čísla sekvencií DNA hlásené Elvisom Aaronom Presleym. Požadované čítanie: príručka pomoci Entrez Entrez Pokračovať na ďalší oddiel.