Zamestnanci

ICB Inštitút výpočtovej biológie

  • O nás
  • Zamestnanci
    • Absolventi
  • zvládanie
  • Financovanie treťou stranou
    • Prebiehajúce projekty
    • Hotové projekty
  • Seminár o výpočtovej zdraví
    • Uskutočnené semináre
  • Skupiny
    • Theis Lab
    • Marr Lab
    • Heinig Lab
    • Hasenauer Lab
    • Fuchs Lab
    • Krumsiek Lab
    • N. Muller Lab
    • Laboratórium Colomé-Tatché
    • Scialdone Lab
    • Ahmidi Lab
    • Menden Lab
    • Schubert Lab
    • Laboratórium Marsico
    • C.L. Müller Lab
    • Gagneur Lab
    • Kastenmüller Lab
    • Laboratórium Knauer-Arloth
    • Jüstel Lab
  • Zimné kurzy 2020/2021
    • Praktický magisterský titul z bioinformatiky SS19
    • Výpočtové metódy pre jednobunkovú biológiu, prednášky a projektové práce
  • Kurzy
    • Témy z výpočtovej biológie WS19/20
    • Praktický magisterský titul z bioinformatiky SS20
    • Úvod do analýzy údajov sekvenovania jednobunkových RNA so skenovaním
  • Univerzitné asociácie
  • Otvorte dizertačné projekty
  • Novinky
  • Smery
  • Štatistické poradenstvo v oblasti základných zariadení
  • Pracovné miesta
  • Bachelor/Master @ ICB
  • Zamestnania študentov

Prof. Dr. DR. Fabian Theis
Vedúci vedúceho ústavu a výskumnej skupiny

zamestnanci

Telefón: +49 89 3187-43260
E-mail
Budova/izba: 58a/112

životopis

Od mája 2013 je Fabian Theis riaditeľom Inštitútu výpočtovej biológie Helmholtz Zentrum München a vedie katedru „Matematické modelovanie biologických systémov“ na Katedre matematiky TU Mníchov. Od roku 2019 je pridruženou fakultou vo Wellcome Trust Sanger Institute v Hinxtone vo Veľkej Británii. Medzi jeho výskumné záujmy patrí vývoj výpočtových metód na analýzu a modelovanie heterogénností jednotlivých buniek, ako aj strojové a hlboké učenie predikcie v biológii a biomedicíne. V roku 2017 mu bola v rámci interdisciplinárneho tímu na ETH Zürich udelená cena Erwina Schrödingera. Fabian Theis je súčasťou a tiež koordinuje rôzne konzorciá (t. J. Sparse2big zahŕňajúce 8 centier Helmholtz) a založil sieť SingleCellOmics Germany (SCOG). Fabian Theis koordinuje mníchovskú školu pre dátovú vedu (MUDS) zahájenú v roku 2019 a je vedeckým riaditeľom Jednotky pre spoluprácu umelej inteligencie Helmholtz (Helmholtz AI).

Vybrané publikácie

1. Bergen, V., Lange, M., Peidli, S., Wolf F.A., Theis, F.J.. Zovšeobecnenie rýchlosti RNA na prechodné stavy buniek pomocou dynamického modelovania. Prírodné biotechnológie. doi: 10.1038/s41587-020-0591-3 (2020).

2. Böttcher, A, Büttner, M, Tritschler, S, [. ], Theis, FJ °, Lickert, H °. Črevné kmeňové bunky primované Wnt/PCP sa priamo diferencujú na enteroendokrinné alebo Panethove bunky. prijatý na Nature Cell Biology (2020)

3. Sachs S, Bastidas-Ponce, A, Tritschler, S, [. ]., Tschöp, MH, Theis, FJ °, Hofmann, SM °, Müller, TD °, Lickert, H °. Cielená farmakologická terapia obnovuje funkciu β-buniek pri remisii cukrovky. Nature Metabolism 2, 192-209 (2020)

4. Lotfollahi, M, Wolf, FA a Theis, FJ. scGen predpovedá jednobunkové perturbačné reakcie Nature Methods 16, 715-721 (2019)

5. Fischer, DS, Fiedler, AK, Kernfeld, E, Genga, RM, Hasenauer, J, Maehr, R., Theis, FJ. Odvodenie populačnej dynamiky z údajov časových radov sekvenovania jednobunkovej RNA. Nature Biotechnology 37, 461-468 (2019)

6. Buettner, M, Miao, Z, Wolf, FA, Teichmann, SA °, Theis, FJ °. Testovacia metrika na hodnotenie jednobunkovej dávkovej korekcie RNA-seq. Nature Methods 19, 43-49 (2019)

7. Eraslan, G, Simon, L, Mircea, M, Mueller, NS, Theis, FJ. Jednobunková RNA-seq odbúravanie pomocou hlbokého počtu autoencoder. Nature Communications 10, 390 (2019)

8. Vlk, F, Angerer, P, Theis, FJ. SCANPY: Rozsiahla analýza dát s jednobunkovou génovou expresiou. Genome Biology 19:15 (2019). (najcitovanejší príspevok v danom roku od Gen Biol)

9. Buggenthin, F, Buettner, F, Hoppe, PS, Endele, M, Kroiss, M, Strasser, M, Schwarzfischer, M, Loeffler, D, Kokkaliaris, KD, Hilsenbeck, O, Schroeder, T °, Theis, FJ°, Marr, C °. Perspektívna identifikácia voľby krvotvornej línie pomocou hlbokého učenia. Nature Methods 14 403-406 (2017)

10. Haghverdi, L, Buettner, M, Wolf FA, Buettner F, Theis FJ. Difúzny pseudočas robustne rekonštruuje vetvenie rodov. Nature Methods 13, 845-848 (2016)