Vedľajšie účinky podrobne
Najbežnejším abnormálnym nálezom v pečeni je tuková pečeň. Je to vedľajší účinok zápalového ochorenia čriev, ktorý si nevyžaduje liečbu. Príčinou môže byť podvýživa, chudnutie alebo požitie toxických látok priamo z čriev.

Žlčové kamene
Žlčové kamene sa nachádzajú až u 30% pacientov s infúziou ilea po ileocekálnej resekcii a u pacientov s kolitídou po odstránení hrubého čreva (). Príčinou je nedostatok žlčovej kyseliny v čreve, čo vedie k vyzrážaniu žlče v žlči. Kamene žlčníka sa zvyčajne chirurgicky odstránia, ak spôsobujú príznaky ako kolika.
Najbežnejším dôležitým sprievodným ochorením pečene a žlče u pacientov so zápalovým ochorením čriev je (). Ide o zjazvenie malých žlčovodov nachádzajúcich sa v pečeni a/alebo väčších žlčovodov nachádzajúcich sa mimo pečene.
Zjazvenie so zúžením žlčových ciest bráni odtoku žlče z pečene do čreva - vyvíja sa upchatie žlče (). Preťaženie žlče vedie k nahromadeniu žltého krvného farbiva () a žlčou náchylných, niekedy toxických produktov vylučovania v pečeni. Na druhej strane sa do čreva dostane príliš málo žlče, ktorá sa používa na tuky a vitamíny rozpustné v tukoch.
Okrem primárnej biliárnej cirhózy je to jedno z najdôležitejších ochorení, ktoré vedú k chronickému upchatiu žlčníka (chronické cholestatické ochorenie pečene).