Sekvenovanie ďalšej generácie BVDH
NGS - sekvenovanie ďalšej generácie
Sekvenovanie novej generácie NGS
NGS je inovatívna technológia, ktorej použitie môže pomôcť jednoznačne objasniť príčinu mnohých heterogénnych klinických obrazov.
Pri jeho použití je potrebné vziať do úvahy, či má relatívne zložitá, teda nákladná diagnostika, aj klinické následky.
Komisia “ Modely fakturácie GfH súvisiace s diagnózou preto pracovali s Harmonogram poplatkov za províziu BVDH Boli vyvinuté indikácie pre použitie NGS.
Senzorineurálne poruchy sluchu
Bola vykonaná odborná skúška (FA pre foniatriu a pediatrickú audiológiu alebo FA pre ORL s pediatrickou audiologickou odbornosťou). K dispozícii je dokumentácia o anamnéze, výsledku objektívneho testu sluchu, napr. Testovanie odpovede sluchového mozgového kmeňa (ABR alebo BAER, BSER) a rodinná anamnéza.
pôvodne vylúčenie mutácie v GJB2 a jedna Vymazanie v GJB6
Rozsah a kvalita poruchy sluchu pravdepodobne povedú k poruche vývinu reči alebo ju spôsobia.
Príčiny získaných porúch sluchu boli vylúčené - pokiaľ je to možné - napríklad prenatálne infekcie „TORCH“ (toxoplazmóza, rubeola, cytomegália a herpes), meningitída, nádory, zápaly).
Ak rodinná anamnéza umožňuje vyvodiť závery o dedičstve, existuje iba indikácia pre príslušný čiastkový panel.
Ak rodinná anamnéza neumožňuje vyvodiť závery o dedičnosti, existuje najskôr indikácia iba pre autozomálne recesívny podpanel.
Terapia refraktérna/ťažko liečiteľná epilepsia, generalizovaná alebo ohnisková, sa objavuje pred dosiahnutím veku troch rokov
pred NGS je pole CGH povinné na vylúčenie kauzálnej CNV
Povinná špecializovaná diagnóza klinicko-genetického syndrómu zohľadňujúca klinické nálezy podľa EBM GOP 11232 (nový 11234), bez akejkoľvek indikácie špecifického monogénneho syndrómového ochorenia
Existencia jedného z nasledujúcich kritérií, ako aj rozsiahle vylúčenie exogénnej (t. J. Infekčnej alebo traumatickej) genézy, indikácie neurológmi, neuropediatrami alebo ľudskými genetikmi s písomnou dokumentáciou o priebehu ochorenia a rodinnej anamnéze):
nejasné syndrómové ochorenie so záchvatmi
epileptická encefalopatia začínajúca v prvom roku života alebo ťažká myoklonická epilepsia v ranom detstve (Dravet/SMEI/GEFS +)
tu spočiatku vylúčenie mutácie SCN1A
Vrodené štrukturálne malformácie mozgu
Vrodené štrukturálne malformácie CNS dokumentované pre- a/alebo postnatálne v cMRI podľa jednej z kategórií podpaniel uvedených nižšie:
izolované alebo spolu s inými štrukturálnymi malformáciami CNS alebo extracerebrálne
Psychomotorické vývojové oneskorenia a/alebo záchvaty sú povinné u detí starších ako 2 roky a dokumentujú ich neuropediatri.
bilaterálne cortexisodense periventrikulárne nodulárne heterotopie, najmenej 2 na každú stranu
bilaterálne heterotopie väzov cortexisodense ligament
bilaterálna pachygýria vrátane klasickej lissencefálie alebo dláždenej lissencefálie, generalizovaná alebo frontálne zvýraznená alebo okcipitálne zvýraznená
so zovšeobecneným alebo Occipitálne zvýraznená klasická lissencefália, predtým povinné vylúčenie delécie LIS1 (PAFAH1B1) pomocou MLPA alebo Miller-Dieker-FISH a povinný sekvenčný gén LIS1 (PAFAH1B1)
u chlapcov alebo plodov s karyotypom 46, XY a zovšeobecnený alebo Frontálna zdôraznená klasická lissencefália predtým povinne vylučujúca mutáciu DCX pomocou MLPA a Postupnosť
porucha nervovej organizácie ako polymikrogýria alebo PMG podobné, symetrické alebo rozsiahle asymetrické PMG Zobrazenie cMRT nie je typické pre fokálnu kortikálnu dyspláziu (FCD)
Pred NGS je skupina CGH povinná na vylúčenie kauzálnej CNV a diagnostiky peripartálnej infekcie, ak je k dispozícii, bez ohľadu na príčinné časté patogény intrauterinných infekcií (pokiaľ je to možné TORCH)
povinné HPE-MLPA alebo Array-CGH, s poz. Rodinná anamnéza a/alebo singulárny horný rezák spočiatku povinné vylúčenie mutácie génu SHH a génu SIX3 pomocou sekvenovania
vrodená mikrocefália s pre- alebo perinatálnym obvodom hlavy menej ako/rovnajúcim sa -3 SD
predtým povinné pole CGH na vylúčenie kauzálnej CNV a Analýza chromozómov
Syndromické štrukturálne malformácie mozgu neklasifikované, možno tiež metabolické alebo mitochondriálne u detí po 2 rokoch je povinné hlboké psychomotorické vývojové oneskorenie a/alebo ťažko liečiteľná epilepsia, ktorú dokumentuje odborný neuropedik.
Povinná špecializovaná diagnóza klinicko-genetického syndrómu zohľadňujúca klinické nálezy podľa EBM GOP 11232 (nový 11234) bez akejkoľvek indikácie špecifického monogénneho syndrómového ochorenia
Predĺžené ranné detstvo a juvenilná cholestáza
Potvrdená diagnóza včasného detstva/juvenilnej cholestázy zobrazovacími metódami (sonografia a/alebo MRT/CT/ERCP) a Histológia pečene (pokiaľ neexistujú klinické kontraindikácie pre biopsiu) a povinná konštelácia laboratórnych nálezov určujúcich trendy a súčasne rozsiahle vylúčenie infekčnej, autoimunitnej a onkologickej príčiny toho istého
vrodené chyby syntézy žlčových kyselín: Laboratórne nálezy, ktoré určujú trendy, najmä selektívne znižovanie obsahu žlčových kyselín v plazme a abnormality v analýze žlčových kyselín v moči
Peroxizomálne ochorenia/hepatopatia s neurologickými príznakmi: ďalšie neurologické príznaky a/alebo nápadné priekopnícke zobrazovanie CNS a/alebo nápadná priekopnícka laboratórna diagnostika v špecializovanom metabolickom laboratóriu
Hepatopatie s ciliárnou dyskinézou/vrodenou pečeňovou fibrózou: v biopsii pečene dôkaz malformácie duktálnej platničky a/alebo nefrologického postihnutia (napr. cysty obličiek) a/alebo poruchy lateralizácie (heterotaxia, napr. situs inversus)
Cholestatické choroby spôsobené mitochondriálnym ochorením: Predtým povinné špecializované pediatrické gastroenterologické vyšetrenie plus buď typické laboratórne nálezy pre mitochondropatiu (napr. Zvýšenie laktátu) alebo ďalšia prítomnosť indikatívnych neurologických príznakov (napr. Myopatia, poruchy zraku, poruchy sluchu, epilepsia, ataxia)
Progresívna familiárna intrahepatálna cholestáza (PFIC) znížené alebo normálne hodnoty GGT v sére pri intrahepatálnej cholestáze
Cholestáza s hypopláziou žlčovodov Histológia pečene: znížený počet žlčových ciest a klinické dôkazy o základnom syndrómovom ochorení (napr. Alagilleov syndróm)
Nezaradené predĺžené ranné detstvo a/alebo juvenilná cholestáza, pravdepodobne tiež s ďalšími malformáciami orgánov, tiež syndrómové, metabolické alebo mitochondriálne: Predtým povinné pediatrické gastroenterologické vyšetrenie a diagnostika klinicko-genetického syndrómu, berúc do úvahy klinické nálezy podľa EBM GOP 11232 (nový 11234) bez odkazu na konkrétne syndrómové alebo monogénne ochorenie, ktoré je možné nákladovo efektívnejšie zaznamenať pomocou iných vyšetrovacích metód (napr. Wilsonova choroba, Meulengrachtova choroba, CF)
Dedičné dystrofie sietnice
Indikácia pre indexovaného pacienta v rodine špecialistom v oftalmológii s dokumentáciou bilaterálnych lézií sietnice na tej istej strane na základe smerových nálezov zo zobrazenia sietnice (oftalmoskopia, autofluorescencia fundusu, optická koherentná tomografia s vysokým rozlíšením) a/alebo funkčnej diagnostiky sietnice (ERG, blikanie, EOG). Na začiatku ochorenia je diferenciácia medzi centrálnymi dystrofiami sietnice (Bestova choroba, juvenilná retinoschóza viazaná na X) a generalizovanými dystrofiami kužeľovitých tyčiniek (indikácia priebehu ochorenia). Diferenciácia stacionárnych a progresívnych foriem retinálnych dystrofií. Musia sa vylúčiť predtým získané formy degenerácie sietnice.
V prípade typickej konštelácie nálezov pre Norrieovu chorobu je povinné molekulárne genetické vylúčenie NDP mutácií pomocou konvenčného Sangerovho sekvenovania a prípadne MLPA.
V odôvodnených výnimočných prípadoch, ak existuje podozrenie na recesívnu dedičnosť viazanú na X a chýba testovací materiál pacienta s indexom mužského pohlavia, je možné aj vyšetrenie rizikových žien s nedostatkom klinických prejavov so známou zníženou penetráciou a variabilnou expresivitou.
bilaterálna retinitis pigmentosa
bilaterálna dystrofia kužeľovej tyče
Vrodená amauróza pečene
Usherov syndróm povinná retinitis pigmentosa s progresívnou stratou sluchu bez poškodenia vestibulárneho systému
Bardet-Biedlov syndróm Povinná dystrofia z tyčiniek a najmenej 2 ďalšie extraretinálne prejavy, ako je polydaktýlia, mentálna retardácia, obezita kmeňov s hmotnosťou> P97, malformácie obličiek a/alebo dysfunkcia obličiek
Povinné pred alebo perinatálne alebo do veku 5 rokov Smerové biometrické nálezy vrátane symetricky neprimeranej postavy a/alebo štruktúry kostí, nevyhnutne overené pri zobrazovaní pomocou prenatálneho ultrazvuku a/alebo fetálnej MR alebo povinné postnatálne pomocou röntgenovej diagnostiky/CT a prípadne histologických nálezov post mortem.
izolované alebo spolu s malformáciami mimo kostný systém
Potvrdenie nálezu ultrazvukom orgánu je povinné pre každú prenatálnu diagnózu podľa kvalifikácie DEGUM II alebo III
prípadne aj na testovacom materiáli od podozrivého plodu alebo zosnulého indexového pacienta, v odôvodnených výnimočných prípadoch aj od matky indexovaného pacienta alebo iných príbuzných prvého stupňa so špecifickou túžbou mať deti
Chondrodysplázia pred alebo perinatálna s alebo bez hrudnej dystrofie
v prípade rizomélie a/alebo úzkeho hrudníka vylúčenie špecifických mutácií hotspotov v FGFR3 na achondropláziu a/alebo thanatoforickú dyspláziu
Dysplázia kostry s viacerými dislokáciami kĺbov
Osteogenesis imperfecta a iné kostné dysplázie so zníženou hustotou kostí
Dysplázia kostry pri mukopolisacharidózach a iných chorobách z ukladania
Dysplázia kostry so zvýšenou hustotou kostí
Syndromická dysplázia kostry s najmenej jednou ďalšou malformáciou štrukturálnych orgánov (napr. obličkové, srdcové, mozgové): predtým povinná odborná pediatrická a/alebo prenatálna lekárska diagnostika a dokumentácia ďalších malformácií orgánov pomocou zobrazovacích metód (napr. ultrazvuk, MRT) a v prípade potreby funkčná diagnostika a povinná odborná diagnostika klinicko-genetického syndrómu, berúc do úvahy klinické nálezy podľa EBM GOP 11232 (nový 11234)
Závažná primárna imunodeficiencia v detstve
Špecializované pediatricko-hematologicko-onkologické vyšetrenie s konšteláciou laboratórnych/hematologických nálezov udávajúcich trendy a príp. typické nálezy v punkcii kostnej drene, ako aj čo najväčšie vylúčenie exogénnych príčinných faktorov alebo monogénnych syndrómových foriem, ktoré je možné diagnostikovať lacnejšie pomocou iných metód vrátane Sangerovho sekvenovania.
Neimunologicky spôsobené cytopénie alebo aplastické anémie
Pretrvávajúca cytopénia jednej alebo viacerých hematologických bunkových línií sa preukázala najmenej pri 2 nezávislých vyšetreniach s klinickými prejavmi alebo bez nich.
Imunitne podmienené cytopénie alebo aplastická anémia
Podozrenie na imunitnú cytopéniu jedného alebo viacerých radov hematologických buniek s klinickými príznakmi alebo bez nich s typickými laboratórnymi/hematologickými nálezmi a typickou punkciou kostnej drene a bez Morfologický dôkaz hematopoetickej nedostatočnosti (DD: aplastická anémia).
Voliteľné Dôkazy o ďalších autoimunitných reakciách v rôznych cieľových orgánoch. Voliteľná detekcia CD4/CD8 T buniek
Závažná vrodená imunodeficiencia (SCID)
Povinné opakované atypicky závažné infekcie vyžadujúce antibiotickú a/alebo stacionárnu liečbu a aspoň jedno ďalšie voliteľné kritérium: